2025년 개정 세법에 따른 후속 시행령 개정안이 1월 16일 발표됐다. 이번 시행령 개정안은 2월 5일까지 입법예고를 거쳐 2월 중 공포·시행될 예정이다. 국제조세 분야에서는 글로벌최저한세 제도의 세부 규정 마련을 비롯해 전환기 적용면제 기한 연장, 이전가격 제도 보완, 외국법인 연락사무소 관련 과태료 기준 구체화 등이 핵심으로 꼽힌다.
먼저 글로벌최저한세(Pillar 2)와 관련해 내국추가세의 구체적 시행 규정이 정비된다. 국외 본점이 국내 지점 소득에 대해 회계상 인식한 대상조세나 해외 주주기업이 국내 구성기업의 배당 등에 대해 인식한 대상조세는 내국추가세액 계산 시 조정대상조세에서 제외된다. 또한 어느 국가에서도 과세되지 않는 이른바 ‘제4형 고정사업장’에서 발생한 소득도 내국추가세 적용 범위에 포함된다.
내국추가세액의 배분 방식 역시 명확해진다. 법정배분 방식은 각 국내 구성기업의 글로벌최저한세소득을 기준으로 배분하는 것이 원칙이며, 당기에는 순글로벌최저한세소득이 없으나 과거 사업연도의 재계산 등으로 가산세액이 발생한 경우에는 해당 사유가 발생한 과거 사업연도의 소득을 기준으로 배분하도록 했다. 이 규정은 2026년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도부터 적용된다.
전환기 적용면제 기한도 연장된다. 최근 OECD가 발표한 글로벌최저한세 합의 내용에 따라, 사업연도 개시일이 2027년에 속하더라도 간이 실효세율이 17% 이상이면 추가세액이 면제된다. 기업의 초기 이행 부담을 완화하려는 취지다.
이전가격 제도와 관련해서는 정상가격 산출방법 사전승인 신청 이후 취소·철회되거나 절차가 중단된 경우, 해당 신청 내용을 확인하기 위한 부분세무조사가 가능하도록 했다. 그동안 사전승인 신청으로 이전가격 조사가 장기 유예되는 사례를 방지하려는 조치로, 시행령 시행 이후 개시되는 세무조사부터 적용된다.
외국법인 연락사무소 제도도 손질됐다. 2026년부터 연락사무소 현황명세서를 제출하지 않거나 거짓 제출하고 시정명령을 이행하지 않을 경우 과태료가 부과되는데, 시행령에서는 그 금액을 500만원으로 구체화했다. 해당 규정은 2026년 1월 1일 이후 의무 불이행분부터 적용된다.
이번 시행령 개정안은 글로벌최저한세 제도의 세부 운용 기준을 정비하는 동시에 전환기 유예를 통해 기업 부담을 조절한 것이 특징이다. 또한 사전승인 제도의 남용 가능성을 차단하고 외국법인 관리 체계를 강화하려는 과세당국의 방향도 분명히 드러난다. 다국적기업과 국제거래 비중이 큰 기업들은 시행령 확정 이후 적용 시점을 고려해 세무 리스크를 점검하고 선제적인 대응 전략을 마련할 필요가 있다.












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